يُشكل مجلس الأمناء برئاسة رئيس مجلس الوزراء، وعضوية كل من:

1-وزير الدفاع والإنتاج الحربي.

2-وزير الداخلية.

3-الوزير المختص بشئون المـالية.

4-الوزير المختص بشئون التعليم العالي.

5-الوزير المختص بشئون الصحة والسكان.

6- ثلاثة خبراء في مجال التدريب الطبي والتاهيل الفني : 
•    الأستاذ الدكتور / مجدي حبيب يعقوب – جراح القلب العالمي . 
•    الأستاذ الدكتور / هشام علي صادق عبد الحميد – أستاذ القلب والفيزياء الحيوية والبيولوجيا الجزئية بجامعة South Western الامريكية . 
•    الأستاذ الدكتور / محمد هاني محمد بهجت عتيبة – استشاري أمراض القلب التداخلية بمستشفي Golden jubilee National  باسكتلندا . 

ويصدر بتشكيل مجلس الأمناء قرار من رئيس مجلس الوزراء.

يختص مجلس الأمناء برسم السياسة العامة للمجلس، وإقرار الخطط الرئيسية المتعلقة بتنفيذها ، وله أن يتخذ ما يلزم من القرارات لتحقيق أهدافه وفقاً لأحكام هذا القانون ، وله علي الأخص ما يأتي:

1. اعتماد الخطة العامة والسنوية لعمل المجلس، والبرامج الكفيلة بتوفير الإمكانات اللازمة لتحقيق أهدافه اتساقاً مع السياسة العامة للدولة .
2. اعتماد الآليات اللازمة والمستمرة للتقييم لمدي جدوي الخطط الموضوعة لتنفيذ أهـداف المجلـس.
3. إصدار اللوائح المـالية والإدارية والفنية ولوائح شئون العاملين والتعاقدات والمشتريات وغيرها من النظم الداخلية المتعلقة بالمجلس ، والتي يقترحها مجلس الإدارة؛ وذلك دون التقيد بالقوانين أو اللوائح أو القـرارات المعمول بها في الجهاز الإداري للدولة أو أي جهة أخري.
4. إصدار قرارات إنشاء فروع للمجلس.
5. الموافقة علي مشروع الموازنة السنوية للمجلس وحسابه الختامي تمهيدًا للعرض علي الجهات المختصة وفقاً لقانون المـالية العامة الموحد الصادر بالقانون رقم ٦ لسنة ٢٠٢٢. 
6. إعداد تقرير سنوي يرُفع إلي رئيس الجمهورية يتضمن علي الأخص ما حققه المجلس من نتائج تتعلق بأهداف هذا القانون.
7. متابعة وتقييم عمل مجلس إدارة المجلس.
8. إعداد وإبداء الرأي في مشروعات القوانين المتعلقة بعمل المجلس.
9. النظر في كل ما يري رئيس الجمهورية أو رئيس مجلس الوزراء أهمية عرضه علي مجلس الأمناء من موضوعات أخري تتعلق بنشاط المجلس.